1、在設計微生物實驗室要合理規劃出各個科室，一般包括準備室、微生物培養室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等。
2、各個科室之間應為獨立區域，并且設置隔離門，在比較重要的實驗室中要設立好緩沖區，進入實驗室人員可在緩沖區二次清潔及更換衣物。
3、實驗室(含緩沖間)圍護結構內表面必須光滑耐腐蝕、防水，以易于消毒清潔。所有縫隙必須加以可靠密封。實驗室內所有的門均可自動關閉。
4、除觀察窗外，不得設置任何窗戶。觀察窗必須為密封結構，所用玻璃為不碎玻璃。地面應無滲漏，光潔但不滑。不得使用地磚和水磨石等有縫隙地面。
5、通風空調系統為直排系統，不得采用部分回風系統。
6、實驗室中的家具應牢固。為易于清潔，各種家具和設備之間應保持一定間隙。應有專門放置生物廢棄物容器的臺(架)。家具和設備的邊角和突出部位應光滑、無毛刺，以圓弧形為宜。
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