在實驗室純水系統設計中，應首要考慮用戶要求，用水量和水質純度對系統的設計來說至關重要。 根據實驗的日常運作和實驗需求，了解實驗室純水的使用量，并且對實驗室的整體合理布局取水點、水管、制水室等位置，同時要節省空間，方便后期維護。
不同實驗室所需的純水水質也可能各不相同。常規的水質標準有三級水指一般純水、二級水為分析級、一級水為超純水）。根據需求合理選擇，以滿足實驗精度和安全性需求。
采用自來水作為原水，通過預處理、反滲透、離子交換、UV消毒等多級處理工藝，確保水質達到預定標準。適當的儲存水源，確保持續供水。供水管道采用食品級不銹鋼材料，避免二次污染。配備水質監測裝置，實時監測水質變化。同時要節能設計，降低運行成本。對于廢水的排放也要符合環保要求。
純水分配系統主要在于通過分配泵和純水分配管路將純水輸送到每個用水點，一般采用串聯式循環管路，從而使得管路中純水能夠以適當的流速循環，抑制微生物的滋生并避免發熱。在設計管路時，充分結合使用方的具體情況（包括用量、水質以及分布情況），靈活地設計管路分配系統，盡可能的減少水管的彎曲。
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