PCR實驗室在空間布局上分為試劑準備區、樣品制備區、擴增區和擴增產物分析區四個單獨的工作區域，并設有專用走廊，以及緩沖區。
PCR實驗室的裝修，墻壁、頂板和地板應光滑、易清潔、防滲漏并耐化學品和消毒劑的腐蝕。不得在實驗室內鋪設地毯和窗簾。地面采用PVC塑膠地板，墻體圍固要氣密性良好，墻體、天花板、地面所有的陰角、陽角都需要圓弧處理。
PCR實驗室凈高宜為2.5米-2.7米，走廊凈寬宜為2.5米-3.0米。PCR實驗室安裝凈化門，自帶閉門器，采用傳遞視窗，保證氣密性，以防外界污染物的進入。
為避免各個實驗區域交叉污染的可能性，采用全送全排的氣流組織形式，嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區壓力要求。實驗室的氣流應從擴增前區流向擴增后區，不得逆向流動。實驗室應選用凈化燈具，保障電力供應，同時應設應急照明裝置。
實驗臺柜和座椅采用穩固的全鋼實驗臺，邊角圓滑處理，柜門抽屜帶阻尼，三段式自動閉合，臺面采用防水、耐熱、耐有機溶劑、酸堿、消毒劑的實芯理化板或者環氧樹脂板。
此外，PCR實驗室內每個房間的所有進、出風口均需加裝相應的設備或裝置。具體的裝修建設規范則需要根據使用場景以及當地的規范，而有所不同。
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